港務局為兼具港埠經營及公權力執行角色之特殊組織，港埠經營部分，受限於行政體制及法令之束縛，缺乏企業化經營彈性及市場即時應變能力，有礙國家整體港埠經營發展。面對世界潮流，亟需透過改制以鬆綁行政體系限制，迅速強化人力資源，並建立統合機制，以港群觀念統合各港經營發展，以提高港埠整體經營績效及國際競爭力。 目前世界各先進國家為提升商港經營效率及競爭力，皆致力推動商港管理體制改革，多朝「政企分離」的方向進行改制。我國航港管理係行政監理與經營合一，為提升港埠競爭力，並配合政府組織再造進程及將企業化精神導入港口之經營，故將於未來組織改造之「交通及建設部」下設立「航港局」，專責辦理航政及港政公權力事項及財政部關稅總局海務處燈塔業務；港務局則朝「公司化」方向改制為港務公司，專責港埠經營業務，提升港埠經營效能及彈性，促進國際商港區域之發展，帶動區域產業經濟繁榮，並與既有港埠民營業者為夥伴關係，彼此共創雙贏，以期增加我國各港埠國際競爭力，提升國家競爭力。