本院的使命、願景及核心價值，係透過領導、管理與執行各階層形塑共識而成，並以兼顧創新、服務、與永續發展為思維之「平衡計分卡」作為策略管理工具，將營運規劃、服務品質、與醫療傳道理念聯結，藉以提升醫院競爭力。藉由功能式委員會及管理小組的設立，建置完備的經營管理機制，進行有效運作，落實監督執行、資源有效分配及提供病人真正需求的服務品質。經營團隊堅持以馬偕十二項美德勇於面對環境挑戰，以創新的思維，不斷開創符合病人需要的服務。